As unidades no SEI são criadas em sincronia com a árvore do organograma UEPG, também chamado Centro de Custos (por conter os códigos por unidade para lançamentos de pessoal, contabilidade, financeiro, etc).

Para unidades permanentes

Primeiramente é verificado se a unidade já existe no organograma e apenas não foi habilitada no SEI:

* Se não existir é necessário criar a unidade na posição correta do organograma, e na sequência os sistemas executam sincronização das bases e a unidade fica disponível no SEI.

Mesmo a unidade estando disponível para habilitação no SEI, é necessário a verificação se sua habilitação para tramitação é aceita pela unidade hierárquica superior. Isto é feito para evitar a criação de unidades que ferem a organização de tramitação interna de grandes áreas.

Para unidades temporárias

São criadas com um período de vigência de existência de 60 dias.